Nguyên nhân chính là do lưu lượng thực tế thấp hơn so với dự kiến hợp đồng; tỉ lệ tăng trưởng doanh thu thực tế thấp hơn so với tỉ lệ tăng trưởng doanh thu dự kiến trong hợp đồng; phân lưu lượng phương tiện sang tuyến đường song hành; giảm giá vé dịch vụ sử dụng đường bộ và giảm giá cho khu vực lân cận trạm thu phí...
Một số dự án lượng phương tiện qua lại trên tuyến vẫn tăng đều đặn, nhưng doanh thu vẫn sụt giảm do tỉ lệ sử dụng vé tháng/quý cao bất thường so với phương án tài chính hoặc do phải giảm giá vé dịch vụ sử dụng đường bộ và miễn giảm phí cho khu vực lân cận trạm thu phí như cao tốc Hà Nội-Hải Phòng, BOT Quốc lộ 1 qua Quảng Nam, BOT Nam Cầu Giẽ...
Theo báo cáo của các ngân hàng thương mại, hiện có 32% các dự án BOT đã hoàn thành, đi vào khai thác có doanh thu thu phí không đạt như dự kiến, dư nợ cho vay đối với các dự án này vào khoảng 43.000 tỉ đồng.
Việc các dự án có doanh thu phí không đạt như phương án tài chính dự kiến có thể sẽ dẫn đến rủi ro phải cơ cấu nợ, chuyển nhóm nợ, phát sinh nợ xấu cho các ngân hàng thương mại. Trong khi đó, các khoản vay của các dự án BOT, BT giao thông có mức vay lớn, thời gian vay vốn dài (chủ yếu 15-20 năm), trong khi nguồn vốn của các ngân hàng chủ yếu là ngắn hạn.
Để giảm thiểu rủi ro trong cho vay, tăng tính khả thi của các dự án, thu hút các tổ chức tín dụng tham gia tài trợ các dự án giao thông, Ngân hàng Nhà nước đề nghị Bộ GTVT tham mưu Thủ tướng Chính phủ tập trung xử lý dứt điểm các vướng mắc liên quan đến thu phí, đồng thời đẩy mạnh triển khai thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ tự động không dừng trên toàn quốc theo Quyết định số 07/2017/QĐ-TTg ngày 27.3.2017 của Thủ tướng Chính phủ.